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1、選擇具有污染特異性反應的生物
所謂污染內特異性反應指的是生物對特定污染物具有特殊的敏感性或特殊的抗性，而對其他污染物的敏感性或抗性較低。例如，煙草Bel-W3品種對低濃度的臭氧極為敏感，葉片上的“腿色斑"是對臭氧的一種的反應，而且表現出劑量-反應關系。另一方面，某些生物對某類污染物具有的強抗性。當環境受到此類物質污染后，其他生物可能消失，但抗污生物卻能生存并成為群落中的優勢物種。醫院核生化控制中心的使用隊BJ-JD0045例如，顫蚓類底棲動物能在溶解氧很低的條件下生存，因為常成為無機物污染十分嚴重水體中的優勢種，是有名的有機污染物水體指示生物。選擇具有污染物特異反應的生物用于生物監測便于解釋監測結果。
2、選擇遺傳上穩定的生物
生物監測需要重復性好，所以遺傳穩定性是必要條件之一。最好選用無性系，因為無性系個體間在遺傳上差異甚小。在其他條件一致的情況下，遺傳上的穩定的監測生物可望在不同地點和不同時間獲得較為一致的監測結果，這也是生物監測方法標準化所必須具備的條件。醫院核生化控制中心的使用隊BJ-JD0045此外，監測生物應具有明確而便于辨認的遺傳標記，以幫助監測人員鑒別，并保證傷害反應確實是已經選擇出來的生物品系（或無性系）所產生的。
3、選擇易于繁殖和管理的常見生物
生物監測需要大量的生物個體。監測生物應具備通過有性生殖或無性繁殖方式大量繁殖后代的能力。種質的保存和擴大繁殖應簡單易行。用于監測時，監測生物的栽培或飼養等管理措施應便于操作。例如，選用多年生植物監測大氣污染可以免除反復播種之勞。應避免選用瀕危物種。選擇易于繁殖和管理的常見生物可以降低監測成本、提高生物監測的實用價值。
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